HOME 経理/財務税務(税金・節税) 電子帳簿保存法の最新チェックポイント!売上高5,000万円超企業が今すぐ確認すべき検索要件と改正動向【令和5年度・7年度改正対応】
経理/財務税務(税金・節税) 2025/12/18

電子帳簿保存法の最新チェックポイント!売上高5,000万円超企業が今すぐ確認すべき検索要件と改正動向【令和5年度・7年度改正対応】

この記事をシェアする

電子帳簿保存法では、電子取引データの保存が原則義務化され、企業にはこれまで以上に適切な保存体制が求められています。
特に、前々年(基準期間)の売上高が5,000万円を超える企業では「検索機能の確保」が必須となり、要件を満たさない場合には青色申告の承認取消や重加算税の加重措置といった重大なリスクも生じます。
今回の記事では、検索機能要件対象企業の判断基準から売上高の計算方法、対応すべき具体的要件、令和7年度改正による新たな制度動向まで、実務担当者が押さえておくべき要点をわかりやすく解説します。

電子帳簿保存法と売上高5,000万円基準の基礎

電子帳簿保存法は、税務関係の帳簿や請求書・領収書などを紙ではなく電子データで保存する際のルールを定めた法律です。
電子帳簿保存法が定める保存方法は、「電子帳簿等保存」、「スキャナ保存」、「電子取引データ保存」の3つに区分されています。
このうち、電子帳簿等保存とスキャナ保存は任意の制度ですが、電子取引データ保存については、2024年1月1日以降、原則として義務化されています。
電子取引データ保存とは、請求書や領収書などの取引書類を電子データで授受した場合に、そのデータを紙に印刷するのではなく、要件を満たした形で電子データのまま保管することを求める制度です。
企業規模を問わず、取引を記録して税金の申告をする事業者であれば、電子で受け取った請求書や領収書などは、紙への印刷物ではなく電子データのまま保存しなければなりません。

※関連記事:電子帳簿保存法への対応はここがポイント!


電子取引データ保存の要件
電子データによる取引書類は、紙の書類と異なり、改ざんや複製が比較的容易であることから、保存する際に一定の保存要件が定められています。
主な要件として、次の二つがあります。

要件 内容
真実性の確保 電子データが受領時点から改ざんされていないことを示す仕組みを備えること タイムスタンプの付与、訂正・削除履歴が残るシステム導入、事務処理規程の策定など
可視性の確保 保存した電子データを必要なときに速やかに確認できる状態を確保すること 検索機能、表示・出力体制、システム概要書の備付など
ただし、令和5年(2023年)度の改正によって、基準期間の売上高5,000万円以下の事業者については、税務調査などの場面で速やかな電子データの共有に応じられる体制を整えている場合、「検索機能の確保」の要件が免除される措置があります。
そのため、多くの中小企業では保存要件のハードルが低くなっていますが、売上高5,000万円を超える企業では、引き続き検索機能を含めた一連の対応が必要です。

※関連記事:電子データの保存もこれで安心!システムなしでも対応できる電子帳簿保存法の事務処理規程の作り方
知っていますか?電子取引の保存ルール
電子帳簿保存法の改正徹底解説!

2022年1月から施行された電子帳簿保存法の改正により、電子取引データの保存が義務化となりました。保存ルールや企業が対処すべき範囲とは?スケジュール概要や取り組むべきポイントを解説します。

詳しく見る

売上高5,000万円超企業が満たすべき要件

先述の通り、基準期間の売上高が5,000万円超の場合は、電子データによる取引書類の保存の際に検索機能の確保も必要になります。


売上高5,000万円超企業の判定方法
「基準期間の売上高が5,000万円超」の「基準期間」とは、電子取引が行われた年(または事業年度)から2年前(前々年)の期間を指します。
企業であれば、電子取引が行われた事業年度から数えて前々事業年度が基準期間となります。
例えば、事業年度が4月~翌3月の企業が2025年6月に電子取引を行った場合、基準期間は2023年にあたるため、検索要件の免除判定に用いるのは2023年度の売上高となります。
ここから、売上高の判定に当たって重要となる点を解説します。


判定は税抜金額で行う
基準期間における売上高は消費税を除いた税抜金額で判断します。
例えば、年間売上が税込5,200万円の企業は、税抜に換算すると5,000万円以下となるため、検索機能の確保要件は不要です。

非課税売上額を含める
検索要件の免除判定に用いる売上高は損益計算書の売上高(営業収益)で判定します。
そのため、住宅賃貸収入・土地譲渡収入などの非課税取引も売上高に含めます。
これは、消費税法上の課税売上高と比較すると以下のような違いがあります。

区分 非課税取引の扱い 営業外収益・雑収入の扱い
検索要件の売上高(電子帳簿保存法) 含める(対象) 含めない(対象外)
消費税法の課税売上高 含めない(対象外) 含める場合がある(対象となり得る)
したがって消費税の免税事業者や簡易課税事業者であっても、検索要件の対象となる場合があるため、注意しましょう。

基準期間が1年に満たない場合
当期が開業初年度など、基準期間が存在しない事業者については、検索要件の対象となりません。
また、基準期間が設立初年度など、12カ月未満の場合は、年換算した売上高で判定します。
例えば、基準期間が6カ月で売上高が3,000万円の場合、以下のような計算となります。

3,000万円 ÷ 6カ月 × 12カ月 = 6,000万円

上記の場合は5,000万円超と判定されます。

※参考資料:国税庁「電子帳簿保存法一問一答


売上高5,000万円超企業が対応すべき要件
売上高5,000万円超企業が確保すべき検索機能の確保要件は以下の通りです。

  • 取引年月日その他の日付、取引金額、取引先を検索条件として指定できること。
  • 日付または金額に係る記録項目については、範囲指定で検索できること。
  • これらのうち2つ以上の項目を組み合わせて検索できること。
対象の事業者は、保存方法に関係なく、これらの条件を満たして電子データを検索できる状態にしておく必要があります。
これらの要件は、電子帳簿保存法に対応した会計・経理システムを利用すれば、比較的容易に満たせます。
一方、エクセル(Microsoft Excel)などで手動で一覧を作成する場合でも、取引年月日・金額・取引先を基に、範囲指定や複合条件で抽出できる設定にしていれば検索要件を満たします。


要件を満たさなかった場合
検索機能の確保要件を満たしていない場合、電子取引データの保存不備として扱われ、青色申告の承認取消につながる可能性があります。
また、電子取引データについて隠蔽・仮装があったと認定された場合、重加算税が通常の35%から45%に加重される可能性があります。
知っていますか?電子取引の保存ルール
電子帳簿保存法の改正徹底解説!

2022年1月から施行された電子帳簿保存法の改正により、電子取引データの保存が義務化となりました。保存ルールや企業が対処すべき範囲とは?スケジュール概要や取り組むべきポイントを解説します。

詳しく見る

検索機能の確保要件を満たすうえでの実務ポイント

ここからは売上高5,000万円超の企業が検索機能の確保要件を満たすうえで重要な実務ポイントを紹介します。


【令和7年度改正】適切な会計システムの導入で重加算税の加重措置が免除に
先述の通り、電子取引データに関して隠蔽・仮装が認められた場合、追徴税額に対する重加算税は、通常35%からさらに10%上乗せされ、45%となります。
しかし、令和7年(2025年)度改正により、国税庁長官が定める基準に適合するシステムを使用し、かつ所定の要件に沿って電子取引データの授受・保存を行っている場合については、この10%加重措置の対象から除外される仕組みが設けられました。
加重措置から除外されるためには、次の機能を備えるシステムで電子取引データの授受・保存を行っている必要があります。

要件 内容
改ざん防止の確保 電子取引について、削除を行った事実及び内容を確認できるシステムで授受・保存を行うこと
記帳の適正性の確保 電子取引の金額を訂正削除したうえで電子帳簿に記録した場合、その訂正・削除の事実、内容を確認できるシステムで授受・保存を行うこと
電子帳簿との相互関連性の確保 電子取引データと電子帳簿との間で相互に関連性を確認できるようにすること
この改正は2027年1月1日以後に法定申告期限が到来する法人税について適用されます。
3月決算法人の場合は、2026年4月1日以後開始事業年度から適用を受けることになります。

※参考資料:財務省「令和7年度税制改正 納税環境整備


システムは電子帳簿保存法に対応したJIIMA認証を受けたものを選ぶ
検索機能の確保要件を含め、電子帳簿保存法の要件に確実に対応するには相応の手間と専門知識が必要です。
そこで活用したいのが、JIIMA認証(公益社団法人 日本文書情報マネジメント協会)のシステムです。
JIIMA認証とは、国税庁が定める電子帳簿保存法の保存要件を満たしていることを、第三者機関が客観的に確認したことを示すものです。
特に、JIIMA認証を受けたクラウド型ソフトウェアは初期コストを抑えられるうえ、法改正にも自動的に対応するため、運用負荷を大幅に軽減できます。
さらに、重加算税の10%加重措置の除外要件に適合する製品も多く、リスク管理の観点からも有効です。
電子帳簿保存法に対応したシステムを選定する際は、導入を検討している製品がJIIMA認証を取得しているか必ず確認しましょう。

※本記事の内容は掲載日時点での情報です。
知っていますか?電子取引の保存ルール
電子帳簿保存法の改正徹底解説!

2022年1月から施行された電子帳簿保存法の改正により、電子取引データの保存が義務化となりました。保存ルールや企業が対処すべき範囲とは?スケジュール概要や取り組むべきポイントを解説します。

詳しく見る
**********

売上高5,000万円の基準は、電子取引データ保存の検索要件の有無を左右する重要なラインです。
自社がどちらに該当するかを正確に把握し、売上高の計算方法や保存要件を誤りなく理解することが欠かせません。
また、要件に適合したシステムを導入すれば、検索機能の整備や改ざん防止などの対応を自動化でき、運用負荷を大幅に軽減できます。
確実な法令対応と効率的な電子データ管理を実現するうえでも、システム活用は最も効果的な選択肢といえるでしょう。

人気記事ランキング - Popular Posts -
記事カテゴリー一覧 - Categories -
関連サイト - Related Sites -

経理ドリブンの無料メルマガに登録